Эксель отпадает при любых раскладах. Слишком много копи-пейста.
Пока я пользую просто два док-файла - с транскриптом и с переводом, а для сравнения скачу туда-сюда Alt-Tab'ом.
А работа в одном файле (при моих машинных ресурсах) превращается в бесконечное слайд-шоу.