В принципе да, ты правильно понял. Но главное - под разные ОС нужно разрабатывать и разными способами собственно сайт. Каждая имеет свои глюки и каждая - свои преимущества. В числе самых очевидных, бросающихся в глаза - стоимость.
Подавляющее большинство сайтов в мире создано на связке Unix (Linux/FreeBSD) - Apach. Я бы советовал взять его и не заморачитваться